1895年清朝與日本爆發甲午戰爭失敗，訂立「馬關條約」，台灣被迫割讓于日本，當年6月17日，第一任台灣總督樺山資紀舉行總督府始政典禮，台灣成為日本的殖民地。

  後藤新平(1857年7月24日～1929年4月13日)於明治23年(1890)赴德國留學，二年後回日本出任內務省衛生局長，明治31年(1898) 2月來台擔任第四任總督兒玉源太郎的民政長官，因兒玉經常不在台灣，後藤新平獲得信任，以民政長官的身份代為處理台灣總督府的各項政務等同於有實無名的總督。他的目標是將台灣改造成「模範殖民地」。

  後藤於擔任民政長官任內，治台策略為依據「生物學」的原則，有計劃的進行土地調查、戶口普查、風俗慣習調查，促進科學發展與農、工、衛生、教育、交通、治安等，並招撫抗日份子，攏絡仕紳，進而奠定日本在台灣的統治基礎。

  產業方面，後藤先將原有的糖業基礎引進新式技術與資金，促成台灣糖業的蓬勃發展。其任內並全力推動鐵、公路、海港等交通建設，今天仍持續營運的台灣南北縱貫鐵路與成為觀光路線的阿里山森林鐵路均是後藤當年完成及主導興建的。

  後藤在台時間共八年又八個月，離開台灣後任「南滿洲鐵道株式會社」總裁，日後並在日本政、學界歷任要職。

◆第一部 水澤時期~臺灣民政長官時期(1)

收錄從家鄉的水澤時期到內務省衛生局時期再到臺灣總督府民政長官的資料。作為新資料，除了傳記編篡會彙整的日本衛生會相關資料和臨時陸軍檢疫部事務官長時期的資料之外，以「臺灣經營有關於舊慣制度調査意見」為首完善臺灣的相關資料。

◆第二部  臺灣民政長官時期(2)～地震內閣時期                       

對應從第一部臺灣民政長官時代的資料持續到山本内閣時期的内務大臣兼帝都復興院總裁時期。包含許多新資料，如:南滿洲鐵道和立憲同志會、寺內內閣時期的日本干涉西伯利亞出兵和關東大地震當時的資料等。此外，還包含新贈送的童子軍相關資料。

◆第三部  在野時期～逝世・傳記編纂會資料                          

收錄從在野時期到逝世的相關資料。新增許多微縮版未收錄的日記、筆記、手稿。作為相關資料，從伊東巳代治到後藤的外交調査會相關報告等各種資料。此外，也有收錄「摘錄後藤新平的草稿和意見書」、「後藤新平傳記編纂會日誌」等傳記編纂會資料。

◆第四部  書信集                                       

除了收錄 DVD 版的資料，還新增加了南滿洲鐵道總裁時期的書信等資料。到第三部的文件是可一併進行整合檢索。