增訂《叢書集成初編》精選實用與罕見之百部叢書，從各叢書所載6,000種典籍中刪重去複，存留4,107種，匯於一編，被稱為“叢書之叢書”，于古文獻的保存和傳播功莫大焉。但是《叢書集成初編》有明顯的缺憾：首先，原擬4,107種典籍只出了3,087種，尚有1,020種未出齊；其次，已出3,087種典籍中，有2,432種排印出版，655種影印出版，體例不一；第三，全書自創分類法過於繁瑣，又未編書名和作者索引，頗難尋檢。

  增訂叢書集成初編在四個方面做了改進：第一，嚴格按照原書選目，匯齊未出的1,020種典籍，使百部叢書、4,107種典籍終成完璧；第二，統一體例，全書4,107種典籍均配齊原版影像並製成全文錄文，實現左圖右文、逐頁對照，可讀可稽；第三，重新分類，在保留原書自創分類法的同時，另按傳統的四部分類法歸類，使4,107種典籍井然有序，便於搜檢。第四，配備強大的檢索系統和完備的功能平臺，可進行毫秒級全文檢索，並實現從閱讀到校點、批註、下載、列印的一站式整理研究作業。